Asal-usul masyarakat Punan diyakini berasal dari kawasan Asia Tenggara daratan. Sekitar 1500 SM, kelompok ini melakukan perpindahan menuju sebuah pulau di Laut Cina Selatan yang kini dikenal sebagai Pulau Hainan, wilayah paling selatan dari Republik Rakyat Tiongkok. Di pulau tersebut, mereka menetap dalam waktu yang cukup lama hingga akhirnya menghadapi tekanan akibat pertumbuhan populasi dan keterbatasan ruang hidup.